Las variedades transgénicas contaminan genéticamente a otras variedades de la misma especie o a especies silvestres emparentadas.

Por ejemplo, en México, el centro de diversidad y origen mundial del maíz, los maíces transgénicos importados de EE.UU. están contaminando las variedades tradicionales.

Los casos son especialmente graves en los estados de Puebla y Oaxaca. En Europa la colza transgénica es un cultivo de alto riesgo dado que existen parientes silvestres de este cultivo. La permisividad del Gobierno chino respecto a la importación de soja transgénica, pone en peligro el centro de diversidad y origen mundial de este cultivo, pudiendo ocurrir lo mismo que pasó en México con el maíz. Una vez liberados al medio ambiente los transgénicos no se pueden controlar. La CONTAMINACIÓN GENÉTICA ES IRREVERSIBLE E IMPREDECIBLE, no se puede volver a la situación de partida. La polinización depende de factores naturales y por lo tanto es imposible controlarla.

Efectos desconocidos o impredecibles

El conocimiento científico sobre el funcionamiento de los genes es todavía muy limitado y las técnicas actuales de ingeniería genética no permiten controlar los efectos de la inserción de genes extraños en el ADN de un organismo. La ingeniería genética aplicada para la creación de los cultivos transgénicos parte del principio de que los genes tienen una función en sí mismos, sin tener en cuenta ningún otro factor interno o externo al organismo. Resulta imposible predecir el comportamiento de los nuevos genes introducidos en ecosistemas complejos.

Contaminación del suelo

Por ejemplo, las plantas Bt (los maíces cuyo cultivo es tolerado por el Gobierno en España pertenecen a dos tipo de maíz Bt) producen una toxina insecticida llamada Bt, la cual se acumula en el suelo.

Desaparición de biodiversidad

La contaminación genética pone en peligro variedades y especies cultivadas tradicionalmente. El aumento del uso de productos químicos eliminan o afectan gravemente a la flora y a la fauna no objetivo.

El incremento del uso de pesticidas aumenta la contaminación química
Con las plantas tolerantes a herbicidas, el agricultor puede usar mayores cantidades de agrotóxicos para acabar con las llamadas "malas hierbas". Hoy por hoy existen datos que demuestran que, debido a esto, se están utilizando muchos más pesticidas en los cultivos transgénicos que en los convencionales.

La presencia de glifosato (el herbicida asociado a la soja transgénica RR de Monsanto) en el suelo, en las aguas y en los alimentos es cada vez mayor.
En cuanto a las plantas Bt, no se ha verificado una reducción del uso de agroquímicos. Sin embargo han aparecido plagas resistentes al Bt con el consiguiente perjuicio para la agricultura ecológica.